三国两晋南北朝时期，中国社会长期处于动乱割据的状态，医药学在脉学、针灸学、药物方剂、伤科、养生保健中外交流等各方面取得了成绩，为医学的全面发展积累了经验。西晋医家皇甫谧的《针灸甲乙经》为中国现存最早的一种针灸专书，书中论述了各部穴位的适应证与禁忌，总结了操作手法等，对世界针灸医学影响很大。

公元610年，巢元方等人集体编写的《诸病源候论》，是中国现存最早的病因证候学专著。分别论述了内、外、妇、儿、五官等各疾病的病因病理和症状。其中对一些疾病的病因及发病原理已描述得比较详尽、科学。例如：对某些寄生虫的感染，已明确指出与饮食有关：书中还记载了肠吻合术、人工流产、拔牙等手术，说明当时的外科手术已达到较高水平。